三者的外观和症状基本相似。病鱼体色发黑，尤其是头部，鳃上粘液增多，鳃丝肿胀，严重时鳃丝末端缺损，软骨外露。
发病晚期，三者易于区分，细菌性烂鳃，鳃盖内表皮组织发炎充血，中部腐烂成不规则的“开天窗”，其他两种则无这种症状。
如果没有“开天窗”或处于发病早期，应借助显微镜进行鉴别。若鳃丝腐烂呈白带*色，尖端软骨外露，有淤泥或粘液，可见大量细长滑动杆菌，酶免疫测定法检测呈现阳性反应,可确诊为细菌性烂鳃病。
如果镜检中寄生虫数量较多，则为寄生虫性烂鳃病。如果鳃丝末端有似蝇蛆等白色小虫子，常为中华鳋病。
部分泌大量的黏液则为隐鞭虫病、口丝虫病、车轮虫病，斜管虫病，三代虫病或者指环虫病。
鳃的颜色比正常的要白，并带有红色白点，就是鳃霉病。镜检可见病原菌菌丝进入鳃小片组织或在血管和软骨中生长。
细菌性白头白嘴病与车轮虫病如何辨别?
细菌性白头白嘴病：病鱼体色发黑，漂浮在岸边,头顶和嘴的周围发白,严重时发生腐烂，且常发生于鱼苗期和夏花阶段。
车轮虫病:鱼体大部分或全身呈白色,镜检可见大量车轮虫。
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